美洲大蠊基因组重复序列分析

• 作者: 严超超 岳碧松 李午佼 李静 沈咏梅 牟必琴
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 生物学
• 关键词: 美洲大蠊 基因组 重复序列 转座子 BovBs 系统进化
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 基础资料
• 页码范围: 540-547
• 页数: 8页
• 分类号: Q78
• 字数: 5523字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20170051

摘要

重复序列是真核生物基因组的重要组成部分.一些重复序列,如自主型的逆转录转座子LINE,在昆虫的系统进化和遗传多样性研究方面得到了广泛的应用.de novo从头预测和基于同源比对预测相结合的方法被用来搜索美洲大蠊Periplaneta americana基因组,共鉴定出大约占全基因组62％的重复序列.研究发现,散在重复序列中,DNA转座子占美洲大蠊基因组的16.18％;逆转座元件中LINE最多,占基因组的13.64％,SINE和LTR分别占基因组的3.52％和1.32％.LINEs中的BovBs亚家族在所有转座子亚家族中比例最高(约6.73％).美洲大蠊与德国小蠊Blattella germanica相比,除LTR外,其他类型的转座子占基因组的比例均高于德国小蠊.通过分析逆转录转座子反转录酶完整度、氨基酸序列相似度及遗传距离,从美洲大蠊基因组中鉴定出一类BovBs:RTE-1 _PAm.BovBs的反转录酶氨基酸序列的系统树表明,美洲大蠊与内华达古白蚁Zootermopsis nevadensis的进化关系比与其同属蜚蠊科Blattidae的德国小蠊的关系更近.昆虫中BovBs的进化关系与传统核基冈进化关系的不同,表明转座子的进化相对宿主基因的进化具有一定的独立性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李静	四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室	353	3005	29.0	45.0
2	岳碧松	四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室	75	500	10.0	18.0
3	李午佼	四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室	3	2	1.0	1.0
4	沈咏梅		6	9	2.0	3.0
5	牟必琴	四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室	1	0	0.0	0.0
6	严超超	四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室	2	5	1.0	2.0