环境样本中微型和微微型浮游植物高通量测序的引物优化

• 作者: 刘卫东 吴景 宋伦
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 微型浮游植物 微微型浮游植物 高通量测序 18S rDNA可变区V4 可变区V9
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 4208-4216
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.5846/stxb201605180963

摘要

分别以18SrDNA的V4区和V9区为目标基因,采用高通量测序平台和生物信息学方法,分析海水样品中微型和微微型浮游植物多样性.利用在线分析软件对V4(F/R)、V9(F/R)和C4(F/R)3对引物的敏感性、特异性进行了评估和比较,发现自行设计的引物V4(F/R)对真核藻类的扩增特异性高于V9(F/R)和C4(F/R).高通量测序结果显示,检测样品平均获得68834条原始序列,高质量数据占99％以上,获得基因注释的序列数达94％以上.3对引物V4(F/R)、V9(F/R)、C4(F/R)鉴定的平均微型/微微型浮游植物OTUs数分别为78、42、58,引物V4(F/R)鉴定效率相对较高,同时对细小微胞藻(Micromonas pusilla)、(金牛微球藻Ostreococcus tauri)、密球藻(Pycnococcus provasolii)、抑食金球藻(Aureococcus anophagefferens)、赤潮异弯藻(Heterosigma akashiwo)等优势种检出频率高于引物V9(F/R).相对已发表的2对引物,设计的引物V4(F/R)对海洋微型和微微型藻类多样性检测更为高效.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘卫东		25	402	11.0	20.0
5	宋伦		48	232	9.0	12.0
9	吴景		7	26	3.0	5.0