思茅松转录组SSR分析及标记开发

• 作者: 原晓龙 吴涛 李江 王娟 王毅 缪福俊 赵能 陈伟
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 思茅松 转录组 SSR 引物开发
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 71-77
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2017.05.010

摘要

基于思茅松转录组测序数据进行其SSR标记开发,为丰富思茅松SSR数据库提供参考.采用MISA软件对思茅松59636条Unigene进行SSR搜索,共获得3745个SSR位点,分布频率为6.28%,平均11.36 kb出现一个SSR位点.SSR重复类型以三核苷酸基序为主,其次是二核苷酸基序,所占比例分别为49%和24%,其主要重复单元分别为AGC/CTG和AT/TA.随机挑选224个位点进行引物设计及合成,琼脂糖凝胶检测发现其中29个位点具有多态性且效果良好,但仅12个位点符合SSR重复类型的倍数大小且扩增效率高于85%.利用这12对荧光标记引物,对2个居群42份样本进行遗传多样性分析,共检测到35个等位基因,多态性信息量(PIC)为0.0932-0.4809,平均为0.3069.4个位点为低度多态位点(0<PIC<0.25),8个位点为中度多态位点(0.25<PIC<0.5).这12个标记可用于思茅松遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位及克隆等研究,旨为思茅松分子标记辅助育种及变异水平等研究提供技术支持.