重组琼胶酶rAgaN3基因的生物信息学分析

• 作者: 林娟 洪晓昆 谢勇 鄢仁祥
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 琼胶酶 基因分析 生物信息学 蛋白结构
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 16-26
• 页数: 11页
• 分类号: Q55
• 字数: 4964字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2017.01.201608003

摘要

利用生物信息学软件和数据库对从Microbulbifer sp.BN中得到的琼胶酶rAgaN3全长基因进行预测分析,结果表明:重组琼胶酶 rAgaN3理论分子量为31.243 kDa,理论等电为4.81,不稳定系数为26.23,脂肪系数为62.35,平均疏水性系数为-0.662,无跨膜结构域,无信号肽;二级结构表明该蛋白无螺旋结构,有15个折叠结构,其余均为卷曲结构;序列相似性分析表明,蛋白rAgaN3属于糖苷水解酶GH16家族,为β-琼胶酶;以同源蛋白3wz1A(同源性88%)为模板,通过同源建模构建出了蛋白三级结构,并用拉式图进行了结构检验.琼胶酶rAgaN3基因的生物信息学分析,为琼胶酶的异源表达提供了指导,为琼胶酶的定点突变、深入研究其结构和功能的关系打下良好基础.