山羊BMPR-IB基因密码子偏好性及聚类分析

• 作者: 刘月琴 张英杰 杨佳栋
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 农学
• 关键词: BMPR-IB 山羊 密码子偏好性 系统发育分析
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 148-153
• 页数: 6页
• 分类号: S858.27
• 语种: 中文
• DOI: 10.16519/j.cnki.1004-311x.2017.02.0025

摘要

[目的]利用生物信息学分析山羊BMPR-IB基因密码子使用特征,对不同物种BMPR-IB基因通过不同的聚类方法进行分析.[方法]利用Usage Codon在线程序和CodonW软件分析山羊和其他物种BMPR-IB基因对密码子偏好性的使用情况,通过欧式平方距离和最小进化法分别进行聚类分析.[结果]山羊BMPR-IB基因无G/C碱基的使用倾向,GCC、CTG、CAG、CCC、AGA、AGT、GTG和TGA为山羊BMPR-IB基因的偏好密码子,其余53种密码子的使用较为均衡.通过最小进化法建立起来的不同物种间的系统发育分析结果与动物学分类一致,且不同物种BMPR-IB基因编码蛋白表达水平存在种属差异.[结论] BMPR-IB基因偏爱使用以A或T结尾的密码子,基于欧式距离系数建立起来的聚类和最大似然法构建的聚类不一致,造成这种差异的原因可能是在进化过程中单基因突变所引起的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张英杰		212	788	13.0	19.0
2	刘月琴		171	654	12.0	18.0
3	杨佳栋		18	68	5.0	7.0