MeDIP-Seq检测大鼠不同状态雪旺细胞基因甲基化水平

• 作者: 任一鸣 冯世庆 周先虎 林伟 樊保佑
• 来源期刊: 天津医药
• 关键词: DNA甲基化 大鼠,Wistar 神经元 轴突 计算生物学 激活态雪旺细胞 正常态雪旺细胞 甲基化免疫共沉淀测序
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 151-154,108
• 页数: 5页
• 分类号: R338.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11958/20161211

摘要

目的：探寻大鼠正常态雪旺细胞（NSCs）和激活态雪旺细胞（ASCs）差异甲基化基因。方法成年Wistar大鼠结扎坐骨神经，饲养7 d后分别从坐骨神经和臂丛神经提取ASCs和NSCs。S-100抗体免疫荧光染色鉴定细胞，CCK-8法测定细胞生长情况。甲基化免疫共沉淀测序（MeDIP-Seq）技术筛选出ASCs和NSCs的差异性甲基化区域；分析与轴突再生相关的差异甲基化基因在染色体的分布情况，并进行基因本体（GO）和信号通路（PATHWAY）分析。结果成功获得了高纯度的ASCs和NSCs，两者S-100均表达阳性。在相同培养条件下，ASCs生长速度更快。MeDIP-Seq共发现177176个差异性甲基化区域，其中位于启动子（≤1 kb）内1097个、启动子（1~2 kb）内1136个，CpG岛内567个。共获得214个与轴突再生相关的差异甲基化基因，与NSCs相比，ASCs高甲基化基因191个，低甲基化基因23个。这些基因位于各个染色体上，以12号染色体上最多（22个），M染色体最少（2个）。GO分析结果显示差异甲基化基因涉及了轴突生长、轴突形成、轴突延伸和轴突导向等过程；并且与MAPK、细胞黏附分子和Ras等信号通路有关。结论 ASCs和NSCs的甲基化水平存在明显的差异，可能与轴突再生有关。