地中海富盐菌中非编码RNA的鉴定与分析

• 作者: 向华 杨海波 王磊 程飞跃 赵大贺
• 来源期刊: 微生物学报
• 关键词: 地中海富盐菌 非编码RNA 盐度刺激 转录组测序
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 220-228
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20160244

摘要

[目的]通过转录组高通量测序技术(即RNA-seq),结合生物信息学分析和分子生物学方法,在组学水平鉴定极端嗜盐菌中可能的非编码RNA (ncRNA).[方法]将培养至对数中期的地中海富盐菌在不同盐浓度下处理30分钟,提取RNA,进行链特异的转录组测序和5'端区分的转录组测序,通过生物信息学分析在全基因组范围内鉴定ncRNA,预测其转录边界;然后通过Northern blot和环化RNA反转录聚合酶链式反应(CR-RT-PCR)对部分预测的ncRNA进行实验验证.[结果]比较两种RNA-seq技术在不同培养条件下的RNA测序结果和对转录单元的精细分析,共鉴定到105个高可信度的ncRNA,并发现4个在不同盐度下表达差异较大的ncRNA,通过Northern blot和CR-RT-PCR验证了incRNA1436和incRNA 1903的表达情况、转录本、转录起始位点及终止位点等.[结论]首次在组学水平鉴定了地中海富盐菌中的ncRNA,不同盐浓度刺激下部分ncRNA的转录差异暗示其有可能参与地中海富盐菌对盐胁迫的适应,高可信度ncRNA的组学发现为今后全面开展嗜盐古菌ncRNA的功能机制研究提供了基础数据及重要的切入点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王磊	中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室	346	2763	24.0	41.0
2	杨海波	中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室	54	407	9.0	18.0
6	程飞跃	中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室	2	2	1.0	1.0
10	赵大贺	中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室	1	1	1.0	1.0