苹果Hsf家族成员的序列特征、表达与进化分析

• 作者: 张国俊 李书粉 王婷婷 胡利宗 高武军
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苹果 热激转录因子 表达 进化
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 页码范围: 71-80
• 页数: 10页
• 分类号: Q78|S661.03
• 字数: 7329字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2017.02.012

摘要

为全面了解苹果基因组中热激转录因子(Hsf)的序列特征及进化,采用生物信息学手段,在苹果全基因组水平上鉴定出50个MdHsf基因,并对其系统发育关系、序列特征、表达情况以及选择压力进行详细分析.系统发育与序列分析显示:与拟南芥和水稻相似,50个MdHsf基因可分为A、B、C 3个亚族;2个或多个MdHsf基因位于同一个末端进化支,说明该基因家族在苹果中发生了物种特异性扩增;尽管MdHsf基因的内含子数目和长度变异较大,但其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高的保守性,这可能与功能约束有关.基于EST数目,可推知:除了MdHsfA2a和MdHsfA3a/b/c等14个基因没有相应的EST外,其余72%的基因都有转录活性.选择压力检测和结构建模分析显示:在36个MdHsf蛋白的选择压力检测中,位点模型未鉴定到正选择位点的存在;而在显著水平下(P<0.05),分支-位点模型在d和e进化分支上,共检测到5个正选择位点,它们是28R、30L、35D、51M、67V,其中28R和30L位于Hsf结构域中,35D、51M和67V位于Hsf结构域之外,这说明除了MdHsfA4d/e和MdHsfC1a/b发生快速进化外,其他成员受控于纯净选择,具有高度保守性.综合以上研究结果,苹果基因组中存在多种热激转录因子,其蛋白的保守基序和功能结构域具有较高保守性,大多具有转录活性,在进化上该家族受纯净选择主导.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高武军	河南师范大学生命科学学院	81	893	17.0	25.0
2	李书粉	河南师范大学生命科学学院	18	182	7.0	13.0
3	王婷婷	漯河职业技术学院食品工程系	25	46	4.0	4.0
4	张国俊	新乡医学院基础医学院	17	71	6.0	7.0
6	胡利宗	河南师范大学生命科学学院	2	2	1.0	1.0