利用粒子群算法在菱形网格上预测蛋白质结构

• 作者: 郭雨珍 陶凤英
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质结构预测 最优化模型 粒子群算法 调整策略
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 105-111
• 页数: 7页
• 分类号: Q517
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.20160702001

摘要

本文在菱形网格上研究讨论了二维HP模型.首先,将蛋白质结构预测问题转化成一个数学问题,并简化成氨基酸序列中每个氨基酸与网格格点的匹配问题.为了解决这个数学问题,我们改进并扩展了经典的粒子群算法.为了验证算法和模型的有效性,我们对一些典型的算例进行数值模拟.通过与方格网上得到的蛋白质构象进行比较,菱形网上的蛋白质构象更自然,更接近真实.我们进一步比较了菱形网格上的紧致构象和非紧致构象.结果显示我们的模型和算法在菱形网格上预测氨基酸序列的蛋白质结构是有效的有意义的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭雨珍	南京航空航天大学理学院数学系	4	12	2.0	3.0
2	陶凤英	南京航空航天大学理学院数学系	1	3	1.0	1.0