拟穴青蟹miR-34靶基因预测及其生物信息学分析

• 作者: 张子平 梁萌萌 王艺磊 贾锡伟
• 来源期刊: 渔业研究
• 学科: 生物学
• 关键词: miR-34 靶基因 生物信息学 拟穴青蟹
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 论文与报告
• 页码范围: 419-428
• 页数: 10页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 3190字
• 语种: 中文
• DOI: 10.14012/j.cnki.fjsc.2017.06.001

摘要

MiR-34是一类在进化过程中高度保守的miRNA家族,参与机体的许多重要生命活动.本研究首先比较本实验室构建的拟穴青蟹miRNA数据库中的miR-34(spa-miR-34)和通过miRBase获得的多个物种的miR-34的序列特征,然后应用RNAhybrid和Segal Lab两种在线工具预测spa-miR-34的靶基因,用blast2 go软件对这些靶基因进行功能注释和信号通路富集分析.结果表明,spa-miR-34可能的靶基因有66个,这些基因的功能主要包括氧化还原、 磷酸化、 钙离子跨膜运输、 转录等生物学过程;信号通路主要富集于精氨酸和脯氨酸代谢、 抗生素生物合成、 苯丙素生物合成、 糖酵解和糖异生等合成代谢通路中.spa-miR-34预测的靶基因所涉及的基因家族和通路亦包括CHH家族、ERK通路、 细胞周期和UPP通路、SUMO通路.此外,spa-miR-34预测的靶基因还有蜕皮激素受体,推测spa-miR-34在生殖、蜕皮及氨基酸等物质代谢方面具有重要作用.本研究为进一步了解spa-miR-34在拟穴青蟹中的作用提供了重要参考资料.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王艺磊	集美大学水产学院	80	1300	17.0	35.0
2	贾锡伟	集美大学水产学院	13	263	5.0	13.0
3	张子平	福建农林大学动物科学学院	12	11	2.0	2.0
4	梁萌萌	集美大学水产学院	1	0	0.0	0.0