亚洲棉EST-SNP的挖掘及其在陆地棉中的验证

• 作者: 张香桂 徐珍珍 徐鹏 沈新莲 蔡继鸿 郭琪
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: 亚洲棉 单核苷酸多态性 酶切扩增多态性序列 表达序列标签
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 401-414
• 页数: 14页
• 分类号: S562.03
• 字数: 4966字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11963/1002-7807.xpsxl.20170628

摘要

[目的]随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发可利用的公共数据资源逐步增加.[方法]本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据库,利用CAP3对亚洲棉EST数据库进行拼接.拼接获得7 187个重叠群(Contig),再利用QualitySNP软件进行SNP位点分析.[结果]在807条含有4条以上EST序列的Contig中查找到2 690个SNP位点.通过筛选次要等位基因频率大干30％的位点,获得953个可靠度较高的候选SNP,通过电子筛选,最终获得可用于陆地棉分析的SNP 149个,利用位点特异性聚合酶链式反应以及酶切扩增多态序列验证了EST-SNP的准确性.[结论]本研究证实基于亚洲棉EST数据库挖掘用于陆地棉研究的EST-SNP切实可行,并有望将EST-SNP用于陆地棉遗传图谱构建、重要性状的基因定位以及分子标记辅助育种.