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云南松基因组微卫星序列特征分析
云南松基因组微卫星序列特征分析
作者:
崔凯
廖声熙
王兵益
贺圆
原文服务方:
西北林学院学报
云南松
基因组
微卫星
重复类型
摘要:
为了更好地了解云南松基因组特征,分析了云南松基因组中微卫星序列的分布特征,采用FLAF-seq测序技术,共获得1 970条微卫星重复序列,利用MISA通过对Unigene序列的分析,鉴定出7种类型的SSR.7种微卫星序列中主要以单碱基重复类型为主,共1 104个,约占重复序列总数的56.04%,其次是双碱基和三碱基重复类型,分别占总数的27.66%和11.68%,四碱基重复类型数量30个,占重复序列总数的1.52%,五碱基、六碱基重复类型在总重复序列中占比最少,均为0.2%,混合微卫星占2.7%.在单碱基重复类型中占优势的重复单元是A/T碱基,双碱基重复类型中占优势的重复单元是(AT)n/(TA)n碱基,三、四、五碱基重复类型中,占优势的重复单元不明显,但几种碱基重复类型中,都包含着丰富的A和T.所得到的微卫星重复序列中以长度<20bp序列的微卫星数量最多,微卫星长度≥20 bp的只占总数的10.81%.可为后续云南松遗传多样性的研究及SSR引物筛选等提供一定的理论依据.
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文献信息
篇名
云南松基因组微卫星序列特征分析
来源期刊
西北林学院学报
学科
关键词
云南松
基因组
微卫星
重复类型
年,卷(期)
2017,(3)
所属期刊栏目
林木遗传育种与培育
研究方向
页码范围
104-107
页数
4页
分类号
S791.257
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1001-7461.2017.03.19
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
王兵益
中国林业科学研究院资源昆虫研究所
26
110
6.0
8.0
2
廖声熙
中国林业科学研究院资源昆虫研究所
55
522
13.0
20.0
3
崔凯
中国林业科学研究院资源昆虫研究所
32
151
6.0
10.0
4
贺圆
5
7
2.0
2.0
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版权信息
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引证文献(0)
二级引证文献(0)
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引证文献(1)
二级引证文献(0)
2019(2)
引证文献(1)
二级引证文献(1)
2020(2)
引证文献(0)
二级引证文献(2)
研究主题发展历程
节点文献
云南松
基因组
微卫星
重复类型
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
西北林学院学报
主办单位:
西北农林科技大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1001-7461
CN:
61-1202/S
开本:
大16开
出版地:
邮发代号:
创刊时间:
1984-01-01
语种:
chi
出版文献量(篇)
5683
总下载数(次)
0
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西北林学院学报2017年第3期
西北林学院学报2017年第2期
西北林学院学报2017年第6期
西北林学院学报2017年第1期
西北林学院学报2017年第5期
西北林学院学报2017年第4期
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