云南松基因组微卫星序列特征分析

• 作者: 崔凯 廖声熙 王兵益 贺圆
• 来源期刊: 西北林学院学报
• 关键词: 云南松 基因组 微卫星 重复类型
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 林木遗传育种与培育
• 页码范围: 104-107
• 页数: 4页
• 分类号: S791.257
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-7461.2017.03.19

摘要

为了更好地了解云南松基因组特征,分析了云南松基因组中微卫星序列的分布特征,采用FLAF-seq测序技术,共获得1 970条微卫星重复序列,利用MISA通过对Unigene序列的分析,鉴定出7种类型的SSR.7种微卫星序列中主要以单碱基重复类型为主,共1 104个,约占重复序列总数的56.04％,其次是双碱基和三碱基重复类型,分别占总数的27.66％和11.68％,四碱基重复类型数量30个,占重复序列总数的1.52％,五碱基、六碱基重复类型在总重复序列中占比最少,均为0.2％,混合微卫星占2.7％.在单碱基重复类型中占优势的重复单元是A/T碱基,双碱基重复类型中占优势的重复单元是(AT)n/(TA)n碱基,三、四、五碱基重复类型中,占优势的重复单元不明显,但几种碱基重复类型中,都包含着丰富的A和T.所得到的微卫星重复序列中以长度＜20bp序列的微卫星数量最多,微卫星长度≥20 bp的只占总数的10.81％.可为后续云南松遗传多样性的研究及SSR引物筛选等提供一定的理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王兵益	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	26	110	6.0	8.0
2	廖声熙	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	55	522	13.0	20.0
3	崔凯	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	32	151	6.0	10.0
4	贺圆		5	7	2.0	2.0