面向多肽的分子对接算法性能对比研究

• 作者: 刘宇 吴思晋 罗浩
• 来源期刊: 计算机工程与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 多肽对接 蛋白质-多肽间相互作用 结合位点预测 对接优化
• 年，卷（期）: 2017,（14）
• 所属期刊栏目: 模式识别与人工智能
• 页码范围: 111-116,154
• 页数: 7页
• 分类号: TP391.9|TQ015.9
• 字数: 6450字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.1602-0043

摘要

蛋白质-多肽间相互作用是计算生物学中的热门方向,对其结合的精确预测对于了解体内复杂的信号通路以及蛋白质功能,及进一步进行药物设计有着至关重要的作用.蛋白质-多肽对接方法能够有效地模拟蛋白质-多肽间相互作用,其对接性能直接决定模拟实验的准确性和成功与否.针对当前主要的蛋白质-多肽对接方法,综合测试了其算法性能;同时将本实验室开发的基于全信息粒子群算法的分子对接工具FIPSDock(Fully-Informed-Particle-Swarm-Dock)延伸到蛋白质-多肽对接领域,并评估其性能.利用标准蛋白质-多肽对接数据集(peptiDB)的21个测试例及13个定制测试例进行性能测试,主要对比分析了各算法的成功率和对接精度.结果表明FIPSDock可用于蛋白质-多肽对接,并相对于其他对接算法展示出优异的性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴思晋	大连理工大学生命科学与技术学院	2	2	1.0	1.0