SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动分类分析

• 作者: 张业晓 李晓琴
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 折叠设计合理 模板数据库 分类方法
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 78-83
• 页数: 6页
• 分类号: Q51
• 字数: 4201字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.20161008001

摘要

蛋白质折叠规律研究是生命科学领域重要的前沿课题之一,蛋白质折叠类型分类是折叠规律研究的基础.本研究以SCOP数据库的蛋白质折叠类型分类为基础、以Astral SCOPe 2.05数据库中相似性小于40％的α、β、α+β及α/β类所属的折叠类型为研究对象,完成了989种蛋白质折叠类型的模板构建并形成模板数据库;基于折叠类型设计模板建立了蛋白质折叠类型分类方法,实现了SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动化分类.家族模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:95.00％、99.99％、0.94与90.00％、99.97％、0.92,折叠类型模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:93.71％、99.97％、0.91与86.00％、99.93％、0.87.结果表明:模板设计合理,可有效用于对已知结构的蛋白质进行分类.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晓琴	北京工业大学生命科学与生物工程学院	28	71	5.0	6.0
2	张业晓	北京工业大学生命科学与生物工程学院	1	1	1.0	1.0