生物信息学方法筛选甲状腺癌潜在的miRNAs生物学标志物及靶基因功能和信号通路分析

• 作者: 李云慧 王玄 赵建英 邱广斌
• 来源期刊: 解放军医药杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 微RNAs 甲状腺肿瘤 预后 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 肿瘤基础与临床
• 页码范围: 5-9
• 页数: 5页
• 分类号: R736.1
• 字数: 2942字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-140X.2017.12.002

摘要

目的 探讨差异表达miRNAs与甲状腺癌患者预后的关系.方法 从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载甲状腺癌及甲状腺癌旁组织的miRNAs测序数据和临床信息.采用R程序语言包筛选差异表达的miRNAs.应用Kaplan-Meier(log-rank检验)生存曲线进行生存分析,比较与总体生存率相关的miRNAs与临床参数的关系.利用靶基因分析软件对与总体生存率相关miRNAs的靶基因进行预测,并进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果 筛选出差异表达miRNAs共计91个,其中上调miRNAs 86个,下调miRNAs 5个.miRNA-509-3、miRNA-196a-2和miRNA-767与总体生存率呈显著相关(P<0.05).miRNA-509-3和miRNA-196a-2与临床分期和甲状腺癌类型显著相关(P<0.05).3种miRNAs的靶基因主要参与细胞黏附、凋亡、细胞周期等生物学过程和与肿瘤相关的代谢通路.结论 miRNA-509-3、miRNA-196a-2和miRNA-767可能在甲状腺癌的发生发展中发挥作用,通过对3种miRNAs的靶基因预测分析,为甲状腺癌发病机制的进一步研究提供基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邱广斌	解放军202医院检验科	7	30	3.0	5.0
2	王玄	解放军202医院检验科	1	4	1.0	1.0
3	李云慧	解放军202医院检验科	2	13	2.0	2.0