黏质沙雷氏菌plaA及plaS的生物信息学分析

• 作者: 丁恒武 刘必融 吴璇 王洲 王莹 王青青 章勤 蒋澜 薛正莲 阚显照
• 来源期刊: 生物学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 磷脂酶A1基因 辅助蛋白基因plaS 沙雷氏菌 系统发育
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1-6,12
• 页数: 7页
• 分类号: Q951.3
• 字数: 5607字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1736.2017.06.001

摘要

磷脂酶A1是一类水解磷脂的酶类,利用生物信息学方法对磷脂酶A1基因及辅助蛋白基因进行分析,为进一步研究磷脂酶提供基础.通过对黏质沙雷氏菌plaA(Phospholipase A1)及plaS(accessory protein)进行克隆和测序,对其核苷酸序列和氨基酸序列特征进行分析;对其蛋白质二级结构、三级结构进行了预测;同时运用ML、MP和BI 3种方法构建了系统发育树.结果表明,plaS的dN/dS的值较plaA高,所受的选择压力较小,进化速率较快;PlaA蛋白和PlaS蛋白的二级结构都以α螺旋和无规则卷曲为主;plaA与plaS联合构建的系统发育树支持率较16S单独构建的支持率高.基于plaA、plaS和16S 3个基因联合构建的系统发育树中,解脲沙雷氏菌和嗜线虫沙雷氏菌都与黏质沙雷氏菌聚为一支,在亲缘关系上,这两种沙雷氏菌可能跟黏质沙雷氏菌更为接近.