基于KL散度的RNA-Seq数据差异异构体比例检测

• 作者: 刘学军 张礼 欧书华
• 来源期刊: 计算机工程与科学
• 学科: 工学
• 关键词: RNA-Seq 基因异构体表达水平 平滑LDA KL散度 差异异构体比例
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 人工智能与数据挖掘
• 页码范围: 158-164
• 页数: 7页
• 分类号: TP181
• 字数: 5776字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-130X.2017.01.022

摘要

近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法.该方法基于先前设计的sLDASeq模型,运用该模型中隐含变量的概率分布,采用KL散度进行差异异构体比例的分析.首先使用最新的SEQC数据集评估sLDASeq模型表达水平的性能,结果表明该方法能准确地估计基因中异构体的比例.接着通过模拟数据集进行差异异构体比例的检测,与其他方法相比,实验结果表明该方法在差异异构体比例检测方面具有较高的准确性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张礼	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	12	38	4.0	5.0
2	刘学军	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	31	236	7.0	14.0
3	欧书华	南京航空航天大学计算机科学与技术学院	2	5	1.0	2.0