多目标遗传算法的含假结RNA二级结构预测

• 作者: 吕强 王帅 蔡磊鑫 顾倜
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 工学
• 关键词: RNA二级结构 假结 多目标优化 遗传算法 最大期望精度
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 142-148
• 页数: 7页
• 分类号: TP391
• 字数: 4546字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.201701006

摘要

假结是RNA中一种重要的结构,由于建模的困难导致它更难被预测.通过碱基之间的配对概率来预测含假结RNA二级结构的ProbKnot算法具有很高的精度,但该算法仅用了配对概率作为预测依据,导致阴性配对大量出现,因此精度中的特异性较低.实验结合ProbKnot算法中碱基配对概率模型,通过使用多目标遗传算法,从而提高预测含假结RNA二级结构的特异性,以此促进总体精度的提高.实验过程中,首先计算出每个碱基成为单链的概率,作为新增的预测依据,然后使用遗传算法对RNA二级结构进行交叉、变异和迭代,最后得到Pareto最优解,进一步得出最高的最大期望精度.实验结果表明,在使用的RNA案例中,采用该方法比现有方法精度平均提高约4%.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王帅	苏州大学计算机科学与技术学院	19	38	4.0	5.0
2	蔡磊鑫	苏州大学计算机科学与技术学院	4	9	1.0	3.0
3	顾倜	苏州大学计算机科学与技术学院	3	2	1.0	1.0