石榴转录组密码子使用偏向性

• 作者: 叶红莲 张太奎 张孟伟 肖巍 苑兆和 起国海
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 石榴 密码子使用偏向性 转录组 基因家族
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 675-690
• 页数: 16页
• 分类号: S665.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2016-0597

摘要

对石榴(Punica granatum)转录组数据进行从头组装,预测完整CDS序列的密码子使用偏向性;将石榴转录谱与其他8种蔷薇分支物种基因组编码序列进行同义密码子相对使用度(RSCU)比较,并对石榴WRKY和MYB家族基因进行亚家族进化分析和RSCU比较.结果表明:(1)石榴转录组主要受自然选择压影响.密码子偏向性极强的基因多为细胞相关功能基因;没有密码子使用偏向性的基因多与维持生命活动本质相关.(2)基因差异高表达影响RSCU,CpG二核苷酸富集影响密码子适应性.(3)物种间亲缘关系越近,RSCU值越相似.对蔷薇分支物种密码子进行RSCU比较,石榴与巨桉(Eucalyptus grandis)偏向性基本一致.(4)亚家族功能分化影响密码子偏向性.石榴WRKY亚家族1、4和13在翻译精氨酸、亮氨酸时分别偏向使用AGG、CUC,这与其不断进化的抗逆功能相关.石榴MYB亚家族8在翻译苏氨酸时偏向选择ACA,这与其扩张中的木质化功能相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	苑兆和	南京林业大学南方现代林业协同创新中心	18	63	5.0	7.0
2	起国海	中国林业科学研究院资源昆虫研究所	4	16	1.0	4.0
3	张太奎	南京林业大学南方现代林业协同创新中心	7	23	3.0	4.0
7	张孟伟	南京林业大学南方现代林业协同创新中心	3	16	1.0	3.0
11	叶红莲	北京林业大学林学院	2	16	1.0	2.0
12	肖巍	南京林业大学南方现代林业协同创新中心	1	16	1.0	1.0