采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响

• 作者: 何祥祥 唐标 戴宝玲 杨华 桂国弘 肖英平
• 来源期刊: 食品科学
• 学科: 工学
• 关键词: 冷鲜鸡 菌群结构 涂抹法 冲洗法 高通量测序
• 年，卷（期）: 2017,（24）
• 所属期刊栏目: 安全检测
• 页码范围: 260-264
• 页数: 5页
• 分类号: TS251.55|TS207.4
• 字数: 4884字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7506/spkx1002-6630-201724042

摘要

目的:比较涂抹法和冲洗法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序结果的影响.方法:将4只冷鲜鸡对半分开,分别采用涂抹法和冲洗法采集其表面微生物,提取基因组DNA,对细菌16SrRNA基因V3~V4区进行聚合酶链式反应扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计.结果:两种方法采集的样品在细菌基因组DNA提取、菌群丰富度、多样性及菌群结构等方面均无显著差异(P>0.05).高通量测序结果表明,冷鲜鸡表面细菌菌群主要分布于7个门,10个属.变形菌门为优势菌门,占70%以上;希瓦氏菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、嗜冷杆菌属和环丝菌属为优势菌属,分别占10%~20%.结论:两种采样方法对冷鲜鸡表面细菌DNA提取及高通量测序没有明显影响,但冲洗法比涂抹法简单易行,且不易发生二次污染,因此更具有实用性.本实验同时也为冷鲜鸡表面细菌的研究提供了数据资料.