肉鸡腹脂双向选择系中RNA编辑位点的鉴定研究

• 作者: 李敏 李辉 杜志强 梁浩 董翔宇
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 肉鸡 脂肪组织 转换与颠换 插入缺失 RNA编辑
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 1611-1623
• 页数: 13页
• 分类号: Q344+.14|Q752
• 字数: 7148字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2017.09.006

摘要

旨在准确获得肉鸡腹脂双向选择系脂肪组织中的RNA编辑位点信息,进而为脂肪相关研究提供更多的信息来源.本研究以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第十九世代肉鸡为试验材料,使用转录组测序(RNA-seq)和基因组测序数据识别肉鸡腹部脂肪组织RNA编辑位点.通过生物信息学手段,设定严格的数据过滤与筛选策略,构建RNA编辑位点候选集.结果表明,在候选集中,通过对RNA编辑位点的分类和注释,在低脂系肉鸡脂肪组织中发掘转换型RNA编辑位点28个,颠换型RNA编辑位点101个,插入缺失型RNA编辑位点71个;在高脂系肉鸡脂肪组织中,发掘转换型RNA编辑位点30个,颠换型RNA编辑位点84个,插入缺失型RNA编辑位点77个.绝大多数RNA编辑位点落在内含子、基因间区域及基因上游区域(内含子区41.91％,基因间区域33.08％,基因下游20.59％,基因上游2.94％和外显子区1.47％).试验验证了4个候选RNA编辑位点,其中3个位点落在与脂肪形成有重要关系的A TP1B3、SLC6 A6和FLNB基因区域.本研究鉴定和验证了存在于肉鸡脂肪组织中的RNA编辑位点,为进一步研究RNA编辑影响脂肪组织生长发育的分子机制奠定了基础.