沙门氏菌Ⅲ型分泌候选基因yiiG的比较基因组分析

• 作者: 汪业军 程希 胡跃明 郭志荣
• 来源期刊: 基础医学与临床
• 学科: 医学
• 关键词: yiiG 沙门氏菌 Ⅲ型分泌系统 效应蛋白 比较基因组
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 43-49
• 页数: 7页
• 分类号: Q933|R378.2
• 字数: 3085字
• 语种: 中文

摘要

目的：研究沙门氏菌Ⅲ型分泌候选基因yiiG的分布和进化。方法利用序列比对检测yiiG分布，通过比较基因组学和进化树重建分析基因进化史。结合RNA-seq数据，分析yiiG和其他沙门氏菌毒性基因表达相关性。生物信息预测YiiG蛋白是否含有公认的Ⅲ型分泌系统（T3SS）分泌信号。结果 yiiG在S．enterica种内enterica亚种高度保守，在其他亚种多变；S．bongori种内无分布。在沙门氏菌外其他菌属中，仅在部分志贺氏菌和大肠杆菌中有yiiG分布。所有yiiG所在基因组近邻区域位置保守。 S．enterica种内enterica亚种的大量血清型中，yiiG基因上游存在一个head-to-head排列的高同源未注释基因（ yiiGRrc）。 RNA-seq数据分析揭示yiiG在细菌侵染环境刺激下表达、表达水平和T3SS相关毒性基因高度相关。各种新效应蛋白预测软件分析提示YiiG具有T3SS分泌／转运信号。结论 yiiG基因座为一个古老、遗传重组活跃的热点区域；yiiG与沙门氏菌毒性高度相关；另外，新鉴定的yiiG密切相关基因yiiGRrc，为进一步理解yiiG基因家族及其功能分化研究奠定基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郭志荣		8	27	2.0	5.0
3	汪业军	深圳大学医学部基础医学院细胞生物学和遗传学系	4	5	1.0	2.0
4	程希	深圳大学医学部基础医学院细胞生物学和遗传学系	2	2	1.0	1.0
5	胡跃明	深圳大学医学部基础医学院细胞生物学和遗传学系	2	2	1.0	1.0