鳙低氧胁迫差异表达基因的cDNA-AFLP分析

• 作者: 俞小牧 刘雪丽 庞美霞 王新华 童金苟
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鳙(Hypophthalmichthys nobilis) 低氧胁迫 耐低氧 cDNA-AFLP 转录衍生片段
• 年，卷（期）: 2017,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1326-1335
• 页数: 10页
• 分类号: S917.4|Q38
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.08.013

摘要

低氧是水产养殖动物面临的主要胁迫之一.鳙(Hypophthalmichth ys nobilis)是我国最重要的淡水养殖鱼类之一,其对低氧胁迫敏感,但相关的遗传基础研究报道很少.本研究利用cDNA-扩增片段长度多态性(cDNA-amplified fragment length polymorphism,cDNA-AFLP)技术对低氧敏感和低氧耐受两组鱼进行比较分析,鉴定鳙与低氧反应相关的信号通路中的差异表达基因.从EcoR Ⅰ和Mse Ⅰ AFLP体系的256个引物组合共获得10 571条转录衍生片段(transcript-derived fragments,TDFs).其中,低氧胁迫后差异表达的TDFs数目为221个,包括上调表达137个(62％),下调表达84个(38％).对70个差异TDFs成功地进行了切胶回收、PCR产物克隆和测序,序列比对分析后发现:29个TDFs在数据库中未检索到同源序列;9个TDFs比对到未知功能序列;32个TDFs比对到已知生物学功能的序列,其功能包括转录调控、应激和信号转导、能量代谢、蛋白质合成、免疫防御以及细胞生长与增殖.随机选取4个己知功能的TDFs(ANXA6、TRIM25、Tnp和RBAT)进行qRT-PCR验证,结果显示:ANXA6、TRIM25和Tnp在低氧胁迫后的表达模式与AFLP分析结果一致,RBAT与AFLP结果不一致.本研究结果有助于揭示鳙应对低氧逆境的生理和遗传调控机制,同时对鳙抗逆品种的分子标记辅助选育也有一定的参考价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王新华	中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室	40	1076	16.0	32.0
5	俞小牧	中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室	17	366	9.0	17.0
6	庞美霞	中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室	3	14	2.0	3.0
10	刘雪丽	中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室	1	0	0.0	0.0