中国玉米审定品种标准SSR指纹库的构建

• 作者: 任洁 张宪晨 易红梅 杨扬 江彬 王凤格 王璐 葛建镕 赵久然
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 玉米 品种鉴定 DNA指纹库 SSR
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 1-14
• 页数: 14页
• 字数: 8830字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.01.001

摘要

[目的]对数量庞大的已知玉米品种构建可共享的作物品种标准DNA指纹库.[方法]基于荧光毛细管电泳检测平台和植物品种DNA指纹库管理系统,利用筛选的40对SSR核心引物对3998份中国玉米审定品种标准样品进行建库,通过多实验室、多检测平台进行建库数据的质量评估.[结果]绘制了40个玉米建库引物的等位基因频率分布图作为每个引物的特征图谱,在建库试验中发挥了相当于参照样品的作用.形成了一套十重荧光毛细管电泳组合,并在SSR指纹分析器中建立了一套系统默认PANEL作为不同实验室建库时的标准PANEL.统计玉米审定品种指纹库构建的试验情况,每份样品具有2—5套原始试验数据及对应的指纹图谱,其中61%的样品做了2组独立试验,33%的样品做了3组独立试验,最终建成的标准指纹库累计缺失和差异位点仅占0.2%,数据完整性达到99.8%.在不同实验室、不同电泳检测平台的评估结果表明,同一荧光电泳检测平台上获得SSR指纹数据一致性高,而不同的电泳检测平台获得的数据存在一定偏差,为实现不同实验室的SSR指纹数据共享,需要统一荧光引物、分析软件及电泳检测平台.对所有审定品种指纹数据进行整体两两比较,表明中国玉米审定品种之间差异比较大,品种间差异位点百分比集中在80%—95%(占78.28%),品种间差异位点百分比在50%以上的已达到99.21%,而低于20%的只有0.09%;对玉米审定品种杂合率水平进行分析,平均品种杂合率达到64%,主要集中在50%—80%(占89%).通过玉米品种标准指纹比对服务平台(网址:http://www.maizedna.org/)实现了指纹库的共享.[结论]形成了构建作物品种SSR指纹库的标准化程序,构建了3998份玉米审定品种的SSR指纹库,通过多实验室联合比较试验,保证建库数据的准确性和数据库的可共享性;建立了玉米品种标准指纹比对服务平台网站,实现玉米审定品种指纹库在全国种子检验系统的共享.