两种方法对大熊猫基因组重复序列的注释比较

• 作者: 余建秋 彭长军 李静 牛李丽 邓家波
• 来源期刊: 四川动物
• 学科: 医学
• 关键词: 重复序列 转座子元件 RepeatMasker RepeatScout 大熊猫
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 121-130
• 页数: 10页
• 分类号: R857.3|Q959.838
• 字数: 7105字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11984/j.issn.1000-7083.20160293

摘要

重复序列是动物基因组的重要组分,对于基因组结构多样性、调节基因表达和介导多种遗传疾病具有重要影响.本研究采用了2种策略:基于序列比对的RepeatMasker(RM)和从头预测的RepeatScout (RS),对大熊猫Ai-luropoda melanoleura基因组中的重复序列进行鉴定与注释,详细阐明了其转座子元件(TE)的组成、类型、数量、亚家族、长度分布、分化率等.比较2种注释方法的结果,RM注释到的TE数量在绝大部分亚家族中均多于RS,而在某些亚家族中则少于RS;RS注释到的TE亚家族类型及平均长度均小于RM.此外,RS构建的大熊猫TE一致性序列中,有20％不属于现有的重复序列类型,可能包含大熊猫特有的TE类型.研究结果对于阐明大熊猫重复序列的特征及其生物学功能奠定了重要基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	彭长军	动物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院	1	1	1.0	1.0
2	牛李丽		1	1	1.0	1.0
3	邓家波		1	1	1.0	1.0
4	余建秋		1	1	1.0	1.0
5	李静	动物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院	1	1	1.0	1.0