利用数字表达谱分析拟南芥叶片中盐响应基因

• 作者: 刘昀 吴佳辉 孙楠 杨梅燕 程华 郑易之 黄健子
• 来源期刊: 深圳大学学报（理工版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 拟南芥 LEA基因 乙烯应答因子 盐胁迫 数字基因表达谱 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 生物工程
• 页码范围: 631-639
• 页数: 9页
• 分类号: Q943.2|Q786
• 字数: 6498字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1249.2017.06631

摘要

为揭示拟南芥在盐胁迫下基因表达谱的变化,为解决盐害提出新的方向,以哥伦比亚野生型拟南芥为材料,利用数字表达谱技术(digital gene expression profiling,DGEP)分析盐胁迫组(200 mmol/LNaC1处理2h)和对照组的拟南芥叶片互补脱氧核糖核酸(complementary deoxyribonucleic acid,cDNA)文库,鉴定盐胁迫下拟南芥中差异表达的基因.结果显示,盐胁迫组中共有4 400个基因发生了差异表达,其中,1 513个基因上调表达,约占34.39％;2 887个下调表达,约占65.61％.这些基因主要富集于22个基因本体(gene ontology,GO)条目,包括核糖体构成、细胞膜和细胞器组成、应答胁迫、脯氨酸代谢等过程.进一步的KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析表明,基础代谢、次生代谢以及光合和氧化代谢等32个通路的基因显著富集.此外,本研究筛选到6个显著差异表达的胚胎晚期富集蛋白(late embryogenesis abundant,LEA)基因,其中,3个LEA基因在盐胁迫条件下上调表达,3个下调表达,暗示着这6个LEA基因可能是拟南芥在应答盐胁迫过程发挥关键作用的抗逆基因.