针对滤波器组多载波/正交幅度调制(filter bank multi-carrier/offset quadrature amplitude modulation,FBMC-OQAM)系统峰均值比(peak to average power ratio,PAPR)过高的问题,提出一种应用在FBMC-OQAM系统中的双层迭代部分传输算法.所提算法在传统迭代部分传输序列(iterative partial transmit sequence algorithm,IPTS)算法的基础上,改进搜索方式,将相位因子向量分为奇偶分别进行迭代,扩大了搜索范围.再结合FBMC-OQAM系统的重叠特性,对数据块之间的重叠部分加以利用,将使得当前符号块加权后的信号与寄存窗中的信号之和的PAPR最小的相位因子向量作为最优相位因子向量,从而在不增加过多计算量的基础上提高了抑制PAPR的性能.仿真结果表示,改进的双层迭代部分传输序列(partial transmit sequence algorithm,PTS)算法的PAPR抑制效果显著优于传统算法,误码率低于传统算法,且计算复杂度显著低于PTS算法.