蓖麻蚕核型多角体病毒和柞蚕核型多角体病毒的密码子使用模式分析

• 作者: 刘彦群 张莹 杨瑞生 王勇 王国宝 石生林 秦利
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 蓖麻蚕核型多角体病毒 柞蚕核型多角体病毒 密码子偏好性 密码子使用模式 适应性
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 77-83
• 页数: 7页
• 分类号: S885|S884.5+1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13441/j.cnki.cykx.2017.01.011

摘要

蓖麻蚕核型多角体病毒(PhcyNPV)是柞蚕核型多角体病毒(AnpeNPV)的变种,不能感染柞蚕.通过病毒基因组GC含量、GC3s含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度、密码子偏好参数的计算及ENc-plot分析、中性绘图分析、对应分析等,比较PhcyNPV和AnpeNPV的密码子使用模式.PhcyNPV、AnpeNPV分别只有1个和4个ORF的密码子偏好性较强.与AnpeNPV比较,PhcyNPV少数ORF的GC含量、GC3s含量、有效密码子数量和密码子偏好参数变化较大,但2种病毒ORF组间的GC含量、GC3s含量、有效密码子数和密码子偏好参数均无统计学差异(P=0.135、P=0.189、P=0.192、P=0.200).2种病毒ORF组间,由同义密码子编码的18种氨基酸的密码子使用均无统计学差异(P＞0.05),鉴定的17种偏好性密码子也均相同.GC碱基组成是影响2种病毒ORF组密码子使用模式的主要因素,而自然选择对GC碱基组成的影响大于突变压力,但2种病毒间自然选择的影响程度无统计学差异(P=0.770).PhcyNPV在适应新宿主蓖麻蚕的进化过程中密码子使用模式变化较小,尚不能通过密码子使用模式分析解释杆状病毒在不同宿主间的交叉感染机制.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	石生林		57	230	10.0	12.0
2	刘彦群		45	305	11.0	15.0
3	秦利		109	526	13.0	17.0
4	杨瑞生		51	186	8.0	12.0
5	王勇		43	203	7.0	13.0
6	张莹		19	140	6.0	11.0
7	王国宝		5	0	0.0	0.0