辣木转录组SSR位点信息分析

• 作者: 叶新福 张雅玲 潘少霖 王小安 韦晓霞
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 辣木 转录组 SSR
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 园艺科学
• 页码范围: 955-958
• 页数: 4页
• 分类号: Q949
• 字数: 2756字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2017.09.007

摘要

采用MISA对15 824条长度大于1 kb的辣木Unigene进行SSR位点分布频率和基本特征的分析,共检测到8 272个SSR位点,分布于6 003条Unigene,SSR位点出现频率为52.28％,共包含114种重复单元.辣木转录组的SSR以单核苷酸重复为主,占总SSR的55.69％.其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的32.34％和11.24％.A/T、AG/CT和AAG/CTT是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸中的优势重复基元.辣木转录组SSR以10～20次重复为主,基序长度主要集中于12～19 bp.结果表明辣木转录组中含有大量SSR,且类型丰富,可为辣木SSR引物开发提供候选序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韦晓霞	福建省农业科学院果树研究所	82	430	10.0	16.0
2	潘少霖	福建省农业科学院果树研究所	58	248	9.0	13.0
3	叶新福	福建省农业科学院果树研究所	119	505	11.0	17.0
4	王小安	福建省农业科学院果树研究所	35	69	4.0	7.0
5	张雅玲	福建省农业科学院果树研究所	5	2	1.0	1.0