分子动力学研究抗体SPE7与抗原Alizarin red的相互作用机制

• 作者: 伊长虹 刘进庆 张庆刚 李洪云 梁志强 王伟 赵娟
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 分子动力学 抗体 MM-PBSA 结合自由能 回旋半径 SIE
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 物理学
• 页码范围: 340-346
• 页数: 7页
• 分类号: Q641.12
• 字数: 4566字
• 语种: 中文
• DOI: 103969/j.issn.0490-6756.2017.03.020

摘要

研究抗原与抗体的相互作用机制在治疗与抗体相关疾病药物的研发中起到重要作用.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area)以及溶解相互作用能SIE(solvated interaction energy)方法研究了抗原Alizarin red (AZN)与抗体SPE7的结合模式.研究结果证明范德华作用主导了抗原AZN与抗体SPE7的相互作用.基于残基能量分解的计算表明抗原AZN能与残基H-W35、H-Y105、L-Y34和L-W93产生较强的相互作用,此结果表明AZN与SPE7分离残基间的π-π相互作用驱动了AZN与SPE7的结合.期望这个研究能为治疗与抗体相关疾病药物的研发提供重要的理论指导.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王伟	山东交通学院理学院	16	59	3.0	7.0
2	张庆刚	山东师范大学物理与电子科学学院	71	240	8.0	11.0
3	梁志强	山东交通学院理学院	20	50	3.0	5.0
4	伊长虹	山东交通学院理学院	13	39	3.0	5.0
5	李洪云	山东交通学院理学院	7	10	2.0	2.0
6	赵娟	山东交通学院理学院	4	8	2.0	2.0
7	刘进庆	山东交通学院理学院	5	22	3.0	4.0