长链非编码RNA PVT1在肿瘤中的表达及生物信息学分析

• 作者: 卢德宏 滕梁红 王苗 白云飞 高巍
• 来源期刊: 中华病理学杂志
• 关键词: 计算生物学 芯片分析技术 原位杂交
• 年，卷（期）: 2017,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 485-490
• 页数: 6页
• 字数: 4964字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0529-5807.2017.07.008

摘要

目的 通过生物信息学分析及实验验证,揭示长链非编码RNA PVT1在肿瘤中的表达及作用机制,为肿瘤的发病机制研究提供新的思路.方法 从starBase v2.0 公共数据库分析PVT1在14种常见肿瘤中的表达,利用PVT1 RNA原位杂交实验验证PVT1在肿瘤中的表达方式.运用UCSC Genome Browser、HMDD v2.0、miRTar Base、JASPAR等数据库对长链非编码RNA PVT1的上游转录因子、下游靶microRNA及靶基因进行生物信息学预测及分析,并进一步推导其分子调控通路.结果 通过starBase数据库分析及RNA原位杂交实验验证,PVT1在肾透明细胞癌和结直肠癌中高表达.PVT1受上游CREB1、Atf1、SP1、KLF5、STAT3等转录因子的调控;PVT1能与miR-16特异性结合并调控其表达, miR-16的靶基因bcl-2、VEGFA、CCNE1、CCND1、SHOC2与PVT1的转录因子存在相互作用,形成一个反馈调控通路.结论 PVT1在肾透明细胞癌及结直肠癌中高表达,生物信息学预测分析显示转录因子/PVT1/miR-16/靶基因信号轴可能是肾癌及结直肠癌的重要分子机制,为进一步研究长链非编码RNA功能机制提供新思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	卢德宏	首都医科大学宣武医院病理科	150	703	12.0	17.0
2	滕梁红	首都医科大学宣武医院病理科	38	106	6.0	8.0
3	高巍	首都医科大学宣武医院病理科	21	108	6.0	10.0
4	白云飞	首都医科大学基础医学院病理系	6	16	2.0	3.0
5	王苗	首都医科大学基础医学院病理系	8	22	3.0	4.0