聚苹果酸生产菌出芽短梗霉CCTCC M2012223的全基因组测序及序列分析

• 作者: 宋晓丹 李晓荣 杨尚天 王永康 邹祥
• 来源期刊: 微生物学报
• 关键词: 出芽短梗霉 全基因组测序 比较基因组分析 代谢机制 聚苹果酸
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 97-108
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20160197

摘要

[目的]解析出芽短梗霉CCTCC M2012223的基因组序列信息,分析其代谢产物聚苹果酸、黑色素、普鲁兰多糖合成相关基因,为深入研究遗传多样性和代谢工程改造提供序列背景信息.[方法]使用Illumina HiSeq高通量测序平台对出芽短梗霉CCTCC M2012223菌株进行全基因组测序,并对测序数据进行序列拼接,基因预测与功能注释,COG/GO聚类分析,比较基因组学分析等.下载其他5株出芽短梗霉基因组序列,比较分析6株菌的种内同源基因、全基因组进化以及代谢产物合成相关基因.[结果]出芽短梗霉CCTCC M2012223基因组序列全长30756831 bp,GC含量47.49％,编码9452个基因.比较基因组分析表明出芽短梗霉CCTCC M2012223的基因组组装长度最长,6株菌的同源基因数达到7092个,普鲁兰多糖和聚苹果酸合成相关基因的蛋白序列有很高的保守性.出芽短梗霉CCTCCM2012223和Aureobasidium pullulans var.melanogenum亲缘关系最近,而这2株菌的黑色素合成相关基因的蛋白序列有一些插入和突变.[结论]本研究解析了出芽短梗霉CCTCCM2012223的基因组序列信息,获得黑色素、普鲁兰多糖和聚苹果酸合成相关基因,为后续的代谢机制解析和改造提供相关依据.