黄芩水煎剂对尿道致病性大肠埃希菌的转录组影响分析

• 作者: 吴晋兰 姚娜 姜如金 朱健铭 翁幸鐾 贺子龙
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 黄芩 尿道致病性大肠埃希菌 转录组 RNA-seq 差异表达基因 分子机制
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 药理与临床
• 页码范围: 1791-1801
• 页数: 11页
• 分类号: R285.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2017.09.015

摘要

目的 探讨黄芩水煎剂抑制尿道致病性大肠埃希菌的分子机制.方法 采用RNA-seq技术分析黄芩水煎剂对尿道致病性大肠埃希菌临床分离株(NB8)转录组的影响.设黄芩组和阴性对照组2个组,黄芩组用10倍MIC浓度的黄芩水煎剂(62.5 mg/mL)作用于尿道致病性大肠埃希菌NB8株30 min,对照组给等量生理盐水,提取细菌总RNA,去除rRNA,反转录合成cDNA,在HiSeq2000测序平台上进行转录组测序,利用BIGpre、Tophat、Cuffiinks等生物信息学工具软件进行转录组数据处理;并将得到的表达谱作差异表达、GO和COG功能富集以及KEGG代谢通路分析.结果 黄芩组和对照组之间差异表达基因共有1 665个,其中上调基因为1 169个,下调基因为496个;在黄芩水煎剂的作用下,尿道致病性大肠埃希菌NB8株糖酵解、三羧酸循环和脂肪酸生物合成等关键代谢途径的编码基因以及核糖体蛋白的编码基因显著下调,而细菌趋化性和鞭毛组装途径以及ABC转运蛋白通路相关基因表达显著上调.结论 阐明了黄芩水煎剂抑制尿道致病性大肠埃希菌的分子机制,黄芩作用的靶位是糖酵解、三羧酸循环、脂肪酸的生物合成途径和蛋白质的翻译;此外,细菌趋化性、鞭毛组装途径和ABC转运蛋白在细菌对黄芩的应激反应中也具有重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱健铭		75	570	14.0	18.0
2	吴晋兰		23	114	7.0	9.0
3	姜如金		63	537	13.0	19.0
4	翁幸鐾		74	555	11.0	20.0
5	贺子龙	中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室	1	7	1.0	1.0
6	姚娜		2	8	1.0	2.0