田鼠巴贝虫棒状体相关蛋白基因的筛选及生物信息学分析

• 作者: 卢艳 吴秀萍 杨春利 田利光 艾琳 蔡玉春 陈家旭 陈韶红
• 来源期刊: 中国病原生物学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 田鼠巴贝虫 棒状体相关蛋白 数据库 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 110-114
• 页数: 5页
• 分类号: R38
• 语种: 中文
• DOI: 10.13350/j.cjpb.170204

摘要

目的 通过对专业数据库的搜索,筛选出田鼠巴贝虫棒状体相关蛋白的基因,并进行生物信息学分析预测.方法 搜索NCBI、EMBL-EBI、Uniprot及PiroplasmaDB数据库,筛选田鼠巴贝虫棒状体蛋白基因.通过生物信息学方法,利用多种数据库及生物信息学分析软件分析其对应氨基酸序列的疏水区、跨膜区、信号肽及结构域,预测该蛋白二级结构、三级结构及其抗原表位;利用Clustal-X软件对其氨基酸序列进行同源性比对;利用PAUP软件构建系统发育树,对氨基酸序列进行多重序列比对(mutiple sequence alignment).结果 在EMBL-EBI和PiroplasmaDB中各筛选出1条田鼠巴贝虫棒状体蛋白基因,登录号分别为XP_012649548和BBM_Ⅲ04695.通过软件APE进行序列比对,两个基因序列完全一致,证明为同一条基因序列.该基因共含有4 443 bp,可编码1 480个氨基酸.编码蛋白分子质量为165.307ku,为分泌蛋白,含一个信号肽,4个跨膜区,并含有较多抗原表位.结论 采用生物信息学方法预测田鼠巴贝虫棒状体相关蛋白含有较多的抗原表位,可作为疫苗和诊断抗原的候选分子.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	田利光	中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所	6	17	2.0	4.0
2	陈家旭	中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所	16	28	3.0	5.0
3	陈韶红	中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所	28	94	5.0	7.0
4	吴秀萍	中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所	5	0	0.0	0.0
5	艾琳	中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所	4	2	1.0	1.0
6	卢艳	中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所	4	0	0.0	0.0
7	蔡玉春	中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所	7	8	1.0	2.0
8	杨春利	中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所	1	0	0.0	0.0