桑树类甜蛋白家族鉴定与生物信息学分析

• 作者: 刘潮 唐利洲 宋培兵 王德琴 王海波 袁国芳 韩利红
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 桑树 类甜蛋白 系统进化 密码子偏性
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·生理生化
• 页码范围: 998-1006
• 页数: 9页
• 分类号: S888.71
• 字数: 5146字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2017.05.007

摘要

为了全面分析桑树类甜蛋白家族基因特征,从桑树全基因组中鉴定类甜蛋白家族(Thaumatin-like pro-tein,TLP)基因,并对基因结构和组成、蛋白质结构域和系统进化以及密码子使用特性进行分析.通过研究,筛选并鉴定了25个桑树TLP家族成员.多数具有典型的索马甜家族标签和保守氨基酸残基.基因结构分析结果表明,12个TLP基因家族成员含有1个内含子,10个成员含有2个内含子,且内含子相位较保守.系统进化分析结果显示,桑树TLP分为8个聚类组,组内序列一致性较高.密码子偏性分析结果显示,桑树TLP家族基因密码子第3位的核苷酸使用偏性较弱,多数基因的进化主要是由碱基随机突变造成的,属于低表达基因,少数基因受自然选择压力影响,基因表达水平较高,在植物响应环境胁迫中发挥作用.