RAD-seq技术在大白猪繁殖性状基因组选择上的应用

• 作者: 方铭 李勇 杨漫漫 苗泽圃 蒙小云 郑华 郭笑峰 魏强
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 简化基因组测序技术(RAD-seq) 基因组选择 繁殖性状 最佳线性无偏预测(BLUP)
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 研究资源与技术改进
• 页码范围: 1508-1515
• 页数: 8页
• 分类号: S828
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2017.09.014

摘要

繁殖性能是猪(Sus scrofa)育种选择中的主要目标性状之一,由于繁殖性状属于低遗传力的数量性状,常规选育难以取得较大遗传进展.为了考察限制性位点相关DNA测序技术(restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)在猪繁殖性状上育种值预测的性能,本研究采集了具有窝产总仔数(total number born,TNB)、窝产活仔数(number born alive,NBA)、初生窝重(litter weight,LW)3个繁殖性状记录的母猪725头,采用RAD-seq技术对其中618头母猪进行基因组遗传分型,经过质量控制获得了覆盖基因组的79 725个SNP标记.为了验证RAD-seq技术在基因组选择中的有效性,本研究将测序群体按近似4∶1的比例划分为参考群和验证群,在验证群表型值未知(模拟早期选择)时分别考察传统的最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction,BLUP)方法和两种基因组育种值预测方法基因组BLUP(genomic BLUP,GBLUP)和一步法BLUP(single-step genomic BLUP,SS-GBLUP)对验证群育种值预测的准确性和偏向性.结果表明,GBLUP对验证群个体育种值预测的准确性从BLUP的0.109(TNB),0.067(NBA)和0.009(LW)分别提高至0.220(TNB)、0.184(NBA)和0.205(LW),而SS-GBLUP的预测准确性与GBLUP几乎相同;此外,GBLUP和SS-GBLUP明显改良了育种值预测的偏向性.结果表明,基于RAD-seq技术的基因组选择方法在种猪繁殖性状的育种值预测中是有效的.研究结果对于猪的良种选育具有重要的理论和实践意义.