陆地棉KFB基因家族全基因组鉴定与表达分析

• 作者: 刘国栋 刘志 张传云 张军 张景霞 王芙蓉 陈煜 陈鹏云
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: 陆地棉 KFB基因家族 生物信息学 基因表达
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 222-232
• 页数: 11页
• 分类号: S562.03
• 字数: 4617字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11963/1002-7807.cpyzj.20170322

摘要

[目的]KFB (Kelch containing F-box protein)是普遍存在于各种生物体中含有F-box结构域的一类家族蛋白,参与众多生物过程.本研究旨在开展陆地棉KFB家族基因鉴定和表达分析.[方法]利用生物信息学方法从陆地棉(TM-1)基因组中鉴定KFB家族成员,与已知的拟南芥、水稻、大豆等KFB蛋白序列构建系统进化树;进一步针对第Ⅱ亚族进行基因结构、染色体定位和表达分析.[结果]从陆地棉基因组共鉴定出150个KFB家族成员,进化分析表明这些基因可分为7个亚族.陆地棉KFB第Ⅱ亚族24个基因分布在14条染色体上,有9对直系同源基因;该亚族基因结构简单,半数基因只有1个外显子;qRT-PCR结果表明,该亚族基因具有较为广泛的组织表达模式,但在不同组织的表达存在差异.[结论]这些结果显示陆地棉KFB第Ⅱ亚族基因在进化过程中出现了功能分化.