滇皖产区铁皮石斛居群SSR分子身份证的构建

• 作者: 俞年军 彭代银 查良平 王继永 董晓曼 蒋超 袁媛 赵玉洋 黄璐琦
• 来源期刊: 中国现代中药
• 关键词: 铁皮石斛 基因组SSR 分子身份证
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 617-624
• 页数: 8页
• 字数: 4810字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13313/j.issn.1673-4890.2017.5.005

摘要

目的:建立滇皖产区铁皮石斛SSR指纹图谱,并构建不同居群的SSR分子身份证.方法:使用生物信息学方法分析铁皮石斛(Dendrobium officinale)全基因组SSR(Simple sequence repeat)序列,获得SSR位点,使用Primer Premier 50软件设计引物并进行PCR扩增,选择高多态性引物进行遗传多样性分析并建立SSR指纹图谱代码,使用二维码生成器表述铁皮石斛居群的分子身份证.结果:共获得91 653个SSR位点,平均分布距离为1544 kb.据此开发了75对SSR引物,筛选出32对多态性丰富、带型清晰的引物,对11个滇、皖产区的铁皮石斛居群进行遗传多样性分析,共得到117个多态信息位点,平均每个SSR引物多态信息含量(PIC)为062,变化范围为022~080;铁皮石斛不同居群进行亲缘关系聚类表明11个铁皮石斛居群可分为三支,与种质来源分布相一致.筛选出4对多态性高、带型清晰易于统计的引物组合,建立不同居群铁皮石斛的SSR指纹图谱库和不同居群的分子身份证.结论:SSR分子身份证可为今后铁皮石斛的品种鉴别提供准确、可靠的方法和溯源信息平台.