核桃种子油脂转化期转录组分析

• 作者: 尚刘群 方淼 杨丽 潘存德 赵明明 陈虹
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 核桃 RNA-seq 转录组 差异基因表达 脂肪酸生物合成
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 1084-1094
• 页数: 11页
• 分类号: S664.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20160444

摘要

[目的]从分子水平上探索核桃(Juglans regia L.)种子油脂转化时期的脂肪酸合成相关基因的表达模式.[方法]基于Illumina HiSeqTM 4000高通量测序平台,以新疆早实核桃‘新新2号’(J.regia‘Xinxin2’)品种种子的种仁为材料,对核桃种子油脂转化期3个不同阶段(花后60～70 d,简称G1;花后90～100 d,简称G2;花后120～130 d,简称G3)进行转录组测序比较分析.[结果]组装得到174 545条Unigene,其中G2 vs G1、G3 vs G2和G3vs G1分别有9408、8 316、6 398条上调表达的差异基因和11 916、10485、5 218条下调表达的差异基因.代谢通路富集分析发现,3个阶段之间差异基因富集最显著的是脂肪酸生物合成代谢途径.随机挑选8个基因进行荧光定量验证,结果与测序数据一致,表明核桃种子油脂转化期的转录组测序结果可信度高.不同时期基因差异表达富集度最高的为脂肪酸生物合成代谢通路.在脂肪酸生物合成途径上乙酰辅酶A的羧基转移酶α亚基基因accA、生物素羧基载体蛋白基因accB和生物素羧化酶亚基基因accC的表达量在G1到G3持续上升,β-酮酰ACP合酶Ⅱ基因fabF、β-酮酰-ACP还原酶基因abG和硬脂酰-ACP去饱和酶基因FAB2的表达量在G1到G3也持续上升,并且G2与G1之间上调表达的差异基因最多.[结论]核桃种子的油脂转化在G2阶段脂肪酸合成最活跃,脂肪酸生物合成途径与油脂合成有关的accA、accB、accC、fabF、fabG、fabl和FAB2基因均呈上调表达.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	潘存德		163	2218	25.0	36.0
2	陈虹		28	195	9.0	13.0
3	杨丽		4	1	1.0	1.0
4	赵明明		5	20	2.0	4.0
5	方淼		2	0	0.0	0.0
6	尚刘群		2	0	0.0	0.0