2008～2014年中国8省市流行的人呼吸道合胞病毒A亚型G蛋白编码基因全长序列分析

• 作者: 于德山 孙利伟 宋金华 崔爱利 张燕 张红 张蕾 杨子峰 王慧玲 石晶 许文波
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 人呼吸道合胞病毒(HRSV) G蛋白 基因特征 氨基酸 变异
• 年，卷（期）: 2017,（6）
• 所属期刊栏目: 人类病毒研究论著
• 页码范围: 821-828
• 页数: 8页
• 分类号: R373.1
• 语种: 中文

摘要

对2008～2014年收集的中国8省市人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)A亚型87株代表株进行G蛋白编码基因全长核苷酸序列测定和分析,阐明其核苷酸和氨基酸动态变异特征.根据G蛋白第二高变区的靶基因特征,从2008～2014年中国8省市流行的A亚型人呼吸道合胞病毒中挑选代表株,并采用RT-PCR方法对G蛋白编码基因进行扩增和序列测定,通过Sequencher 5.0、MEGA5.05等生物信息学软件进行序列拼接、比对,分析基因亲缘性和氨基酸变异特点.2008～2014年中国8个代表省市收集的296份HRSVA阳性标本,依据靶基因变异程度及特征共挑选出代表株87株,覆盖2008～2014年流行的各基因型,包括GA5,NA4,NA1,NA3,ON1;对87株代表株进行G蛋白编码基因全长序列测定和同源性分析,核苷酸同源性为88.21％～100％,氨基酸同源性为82.09％～100％,与原型株long株的核苷酸和氨基酸同源性分别为89.22％～91.07％和82.77％～86.82％;变异主要集中在第二高变区,其次在胞浆区和第一高变区.根据G蛋白全长核苷酸序列构建亲缘关系进化树,87株代表株可以分为5个分支,与国际上通用的依据G蛋白第二高变区为靶基因进行的基因分型及进化树分支结果一致.本研究系统分析了2008～2014年中国8省市人呼吸道合胞病毒A亚型G蛋白编码基因的基因特征及氨基酸变异情况,为中国人呼吸道合胞病毒的病原学研究,预防和控制提供了重要的病毒学基础研究数据.