基于RNA-seq数据大规模挖掘蜜蜂 球囊菌的SSR分子标记

• 作者: 付中民 侯志贤 张璐 李汶东 熊翠玲 王鸿权 童新宇 郑燕珍 郭睿 陈大福
• 来源期刊: 《福建农林大学学报（自然科学版）》
• 关键词: 蜜蜂球囊菌 微卫星标记 转录组 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 蜂学
• 页码范围: 434-438
• 页数: 5页
• 分类号: S895.1+3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13323/j.cnki.j.fafu(nat.sci.).2017.04.013

摘要

基于已获得的球囊菌转录组数据预测微卫星标记(SSR),并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的挖掘.利用软件MISA对球囊菌转录组中42610条unigenes进行搜索,共预测出7968个SSRs,分布于5233条unigenes中,其中最主要的重复类型为三核苷酸重复(53.15%),其次为二核苷酸重复(32.32%)和四核苷酸重复(8.46%).二核苷酸重复中的基序主要是AG/CT(占总量的15.8%).针对所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件设计出6956对SSR特异性引物,随机选取20对引物对两个不同来源的球囊菌样品进行SSR位点扩增,共有6对引物成功扩增出符合预期的目的片段.研究结果表明,利用球囊菌转录组数据开发SSR引物是可行的.