长链非编码RNA HOTAIR的分析及在黑色素瘤致病过程中互作分子的预测

• 作者: 刘文艳 张利环 朱芷葳 李园 李宏 蔡永强
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 长链非编码RNA HOTAIR 生物信息学 黑色素瘤
• 年，卷（期）: 2017,（8）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 1424-1435
• 页数: 12页
• 分类号: S813.1
• 字数: 5994字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2017.08.006

摘要

旨在通过生物信息学分析,预测与HOTAIR相互作用的转录因子、蛋白质及miRNA,为阐明黑色素瘤致病的分子机理提供研究方向,为设计新的药物提供靶标和治疗黑色素瘤提供理论基础.本试验在UCSC数据库中下载8个物种的HOTAIR序列,通过MEGA4.0构建系统进化树;运用lncRNAtor等数据库对长链非编码RNAHOTAIR的上游调控因子,互作的miRNA及相关蛋白进行分析;利用NONCODE和lncDisease等数据库分析HOTAIR在各组织的表达模式及与HOTAIR相关的疾病;使用TargetScan软件在线预测与黑色素瘤紧密相关的一些基因的靶标miRNAs;运用Cytoscape3.2.0软件绘制miRNA-HOTAIR黑色素瘤相关基因的分子调控网络图.结果表明,HOTAIR定位于人类12q13.13染色体上HOXC11与HOXC12基因的54 356 092～54 368 740 nt位点之间,并且HOTAIR在不同的物种之间具有一定的保守性.HOTAIR在不同的细胞中受到多种调控因子的调控.HOTAIR特异表达于各个组织,在睾丸中的表达量明显高于其他组织,而在肺和卵巢中的表达量明显低于其他组织.GO功能分析发现,HOTAIR的靶基因参与细胞凋亡、DNA复制、转录调控等生物学过程,表明HOTAIR在癌症和一些人类疾病的病理及生理学过程中发挥着重要的作用.在HOTAIR的互作分析中发现,HOTAIR与miR-217、miR-203和miR-194等均有互作位点.结果显示,在黑色素瘤中,HOTAIR可能会与MI TF和NKX3-1等黑色瘤关键基因竞争性结合miR-217、miR-203和miR-194,从而实现HOTAIR对黑色素瘤的调控,但还需要进一步的试验证明.GO功能分析和KEGG通路分析发现HOTAIR的表达水平与肿瘤的转移、复发以及预后紧密相关,结合一些转录因子对HOTAIR的调控为肿瘤的治疗提供一定的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李宏	山西农业大学生命科学学院	30	153	6.0	11.0
2	朱芷葳	山西农业大学生命科学学院	54	223	7.0	13.0
3	蔡永强	山西农业大学生命科学学院	8	19	3.0	4.0
4	张利环	山西农业大学生命科学学院	39	175	6.0	12.0
5	刘文艳	山西农业大学生命科学学院	9	18	3.0	4.0
6	李园	山西农业大学生命科学学院	7	18	3.0	4.0