基于COS Marker分析柑橘属及其近缘、 远缘属植物的遗传与进化

• 作者: 彭祝春 李一兵 洪棋斌 王炯 王艳杰 龚桂芝
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 柑橘 COSMarker 亲缘关系 种质资源 遗传与进化
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 320-331
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.02.011

摘要

[目的]研究柑橘属及其近缘、 远缘属种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为柑橘类果树的遗传和进化关系提供新的视点,也为遗传育种以及种质资源深入的收集、 保护及评价利用提供新工具和参考.[方法]下载Phytozome网站公布的全部克里迈丁Conserved ortholog sequences,并在NCBI中与测序甜橙序列比对,获得具有Gap的序列,从中设计60对COS引物,筛选并利用多态性标记对柑橘属及其近缘、 远缘属植物进行扩增检测,通过Structure PowerMarker和GenAlEx等软件进行数据分析.[结果]从设计引物中筛选出谱带清晰、 稳定性好、 具有多态性且分布在柑橘不同连锁群的引物25对,对45份柑橘属及其近缘、 远缘属种质资源进行扩增检测,共得到584条谱带,平均每对引物约为2336条;基因多样性为0.26-0.88,平均0.49;PIC为0.26-0.87,平均0.48群体遗传结构分析显示,在K=9时,群体结构图清晰地揭示了柑橘属及其近、 远缘属植物间的遗传组成关系,可区分为宽皮柑橘类群、 柚类群、 枸橼类群、 大翼橙类群、 金柑类群、 枳及澳沙檬澳圆檬类群、 花椒类群、 黄皮酒饼簕九里香类群以及印度野橘和莽山野柑杂合类群,类群关系与聚类分析结果总体比较一致.UPGMA聚类分析显示,COS Marker能够明确地区分柑橘属及其近缘、 远缘属种质资源,柑橘属在较高分类层次与金柑属、 枳属、 澳沙檬属、 澳圆檬属、 花椒属以及黄皮、 酒饼簕、 九里香等近、 远缘植物分离;在柑橘属内,枸橼和大翼橙类首先聚类,然后与宽皮柑橘、 柚类等其他柑橘属植物聚类;宽皮柑橘类群里,道县野橘 、岑溪酸橘等半野生宽皮柑橘与椪柑等栽培宽皮柑橘可以明确区分,而莽山野柑和印度野橘不在本类群.[结论]根据甜橙和克里迈丁基因测序信息设计的COS引物,在柑橘近缘、 远缘属植物中均能获得有效扩增,能够有效区分柑橘属及其近缘、 远缘属种质资源;莽山野柑和印度野橘的遗传组成表现杂合,聚类分析中与宽皮柑橘距离比较远,可能并非宽皮橘类群最原始类型.