膀胱癌相关lncRNA及其共表达mRNA的初步筛选与功能预测

• 作者: 姜源 田强 舒静 陈俊霞 黄梦鸽
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 膀胱癌 长链非编码RNA lncRNA芯片 信息学分析
• 年，卷（期）: 2017,（20）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 5-8,前插1
• 页数: 5页
• 分类号: R737.14
• 字数: 2840字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2017.20.002

摘要

目的 筛选出在膀胱癌组织中特异性表达的长链非编码RNA(lncRNA)及其共表达mRNA,并进行初步验证及功能预测.方法 采用lncRNA v4.0芯片筛选4对膀胱癌和癌旁组织中lncRNA及其共表达mRNA的差异表达谱,通过聚类分析比较二者表达差异;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法对5个异常调节的lncRNA(RP11-359E19.2、AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3、AK021804)和4个共表达的mRNA(HRAS、VEGFA、ITGB1、DNMT3B)进行验证.同时,对lncRNA共表达的mRNA进行GO及KEGG pathway富集分析.结果 差异表达的lncRNA共4 155条,其中2 045条高表达、2 110条低表达;与lncRNA共表达的mRNA共4 416条,其中2 472条高表达、1 944条低表达.|FC|≥10的lncRNA 345条,包括127条高表达和218条低表达.RP11-436F21.1和H19是上调最明显的lncRNA.|FC|≥10的共表达mRNA有75条,其中57条上调、18条下调.与癌旁组织相比,膀胱癌组织5种lncRNA中RP11-359E19.2表达上调,AL928768.3、AC002519.6、RP11-79H23.3及AK021804表达下调(P均<0.05);4种共表达的mRNA中HRAS、VEGFA、ITGB1和DNMT3B表达均上调(P均<0.05);qRT-PCR结果与芯片结果一致.GO分析显示,上调的共表达mRNA主要参与细胞代谢和有丝分裂的生物学过程,下调的共表达mRNAs主要参与免疫系统的刺激反应和免疫应答;KEGG pathway富集分析显示,10个通路与上调或下调的共表达mRNA有关,其中在上调的共表达mRNA中,p53信号通路和膀胱癌的富集度最高,在下调的共表达mRNA中细胞因子-因子受体相互作用富集度最高.结论 成功筛选出膀胱癌特异表达的lncRNA及其共表达mRNA,这些特异表达的lncRNA及共表达mRNA在膀胱癌的发生、发展和转移中发挥重要的生物学作用,有望成为膀胱癌新的标志物.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈俊霞		28	93	4.0	8.0
2	舒静		6	23	4.0	4.0
3	姜源		5	22	4.0	4.0
4	黄梦鸽		1	4	1.0	1.0
5	田强		1	4	1.0	1.0