5种鳎科鱼类核糖体ITS1序列比较

• 作者: 司李真 孔晓瑜 时伟 杨敏 龚理
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鳎科 内转录间隔区 种类鉴定 分子标记 假基因 非协同进化 聚类分析
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 页码范围: 321-329
• 页数: 9页
• 分类号: Q522|S917.4
• 字数: 6209字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20160410359

摘要

核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式,但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性,表明其是非协同进化.为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1 (ITS1)序列是否存在多态性,并探究其能否作为种类鉴定的分子标记,本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共1 18条ITS1全序列.结果显示,眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型,表明其在基因组中遵循非协同进化方式;而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性,表明其为协同进化.序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性,最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp),最长的为眼斑豹鳎(585 bp).碱基分析显示ITS1序列在5种鳎科鱼类中都呈现出相同的趋势:C＞G＞A＞T,且GC含量为69.5％,远高于AT含量.聚类分析显示除眼斑豹鳎外,所有鳎类均单独聚为一支,种类区分度非常明显,表明ITS1序列能够作为种类鉴定的分子标记.但是眼斑豹鳎的一个克隆和东方箬鳎聚为一支,这种序列多态性对种类鉴定产生了干扰,因此用具有多态的ITS1序列作为分子标记时一定要有足够的克隆数量,避免因数据不充分而得到不正确的结论.