基于转录组数据的蒙古牛皮肤组织抗寒相关信号通路及候选基因的筛选

• 作者: 凌宇 周欢敏 曹宇 潘静 邢燕平 齐昱
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蒙古牛 皮肤组织 转录组 信号通路 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 生物技术与繁殖
• 页码范围: 2301-2313
• 页数: 13页
• 分类号: S823.8+1.2
• 字数: 7059字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2017.12.010

摘要

本研究旨在通过对冬夏两季蒙古牛皮肤组织进行转录组测序和生物信息学分析,找到与蒙古牛抗寒性状相关的信号通路及候选基因.用Ion ProtonTM Sequencer分别对冬季和夏季成年蒙古牛的皮肤组织进行转录组测序,随后对转录组数据进行处理、与参考基因组比对、差异表达分析、GO和KEGG富集分析以及候选基因筛选,并用Real-time PCR方法对转录组数据进行可靠性检测.结果显示,冬季组和夏季组分别得到86 954 060和69 837 009条reads;冬季组与参考基因组的唯一比对率为73.21％,夏季组为75.55％;冬夏两组共有182个差异表达基因(DEGs),与夏季组相比,其中117个在冬季组中上调,65个在冬季组中下调;Real-time PCR分析显示,转录组测序结果可靠;GO分析结果显示,细胞组分、分子功能、生物学过程分别富集到21、39和224个term;KEGG分析结果显示,差异表达基因(DEGs)显著地富集在脂类代谢、凝血、酪氨酸代谢、类固醇合成和视黄醇代谢相关通路上;共筛选出8个候选基因.综上表明,脂类代谢、凝血、黑色素合成相关通路和基因,以及与毛发发生相关的基因可能在蒙古牛抗寒过程中发挥重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周欢敏	内蒙古农业大学生命科学学院	86	473	10.0	19.0
2	邢燕平	内蒙古农业大学生命科学学院	13	14	3.0	3.0
3	齐昱	内蒙古农业大学生命科学学院	7	8	2.0	2.0
4	凌宇	内蒙古农业大学生命科学学院	6	9	2.0	2.0
5	潘静	内蒙古农业大学生命科学学院	7	11	2.0	3.0
6	曹宇	内蒙古农业大学生命科学学院	4	5	2.0	2.0