融合位置特征与序列进化信息的磷酸化位点预测

• 作者: 彭剑 李钎 谭泗桥 陈渊
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 关键词: 磷酸化 预测 卡方差表特征 伪氨基酸序列进化信息 支持向量机
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1118-1124
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.16476/j.pibb.2016.0351

摘要

磷酸化是蛋白质翻译后的主要修饰,可分为激酶特异性和非激酶特异性两种类型.以非激酶特异性磷酸化位点Dou数据集为基础,本文发展了一种基于位置的卡方差表特征x2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息PsePSSM表征序列,构建正负样本均衡的支持向量机分类器,S,T,Y独立测试Matthew相关系数、ROC曲线下面积分及准确率分别达到了(0.59、0.87、79.74％),(0.55、0.85、77.68％)和(0.50、0.81、75.22％),明显优于文献报道结果.x2-pos、PsePSSM两种特征的融合在蛋白质磷酸化位点预测中有广泛应用前景.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈渊		12	36	3.0	5.0
2	谭泗桥		28	305	8.0	17.0
3	李钎		1	0	0.0	0.0
4	彭剑		19	53	5.0	6.0