脊尾白虾GAPDH基因的克隆及其内参基因稳定性分析

• 作者: 张培 李健 李志辉 薛蓓 赖晓芳 赵莲 阎斌伦 高焕
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 脊尾白虾 GAPDH 内参基因 组织 蜕壳后时间点
• 年，卷（期）: 2017,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1003-1012
• 页数: 10页
• 分类号: S917
• 字数: 6691字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2017.17018

摘要

为比较甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、18S rRNA和β-actin基因在脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)作内参基因的优劣,本研究采用同源克隆和RACE技术,克隆了脊尾白虾GAPDH基因全长cDNA序列(GenBank登录号:KX893516),通过实时荧光定量PCR(quantative real-time PCR,qPT-PCR)技术,检测3种基因在脊尾白虾不同组织及不同蜕壳后时间点的表达量变化,在此基础上进行内参稳定性分析.结果显示,脊尾白虾GAPDH基因全长1514 bp,开放读码框1002 bp,编码333个氨基酸,二级结构预测显示GAPDH蛋白具有一个高度保守的NAD+结合功能域(NAD binding domain)和行使糖运输和代谢的催化功能域.分析qRT-PCR结果并结合geNorm、NormFinder和BestKeeper 3种软件的分析发现,在不同组织和不同蜕壳后时间点,3种内参基因的稳定性由高到低依次为18S rRNA、GAPDH、β-actin.因此,在脊尾白虾不同组织和不同蜕壳后时间点的定量分析中,选取单内参基因时,推荐使用18S rRNA为内参基因,双内参时推荐18S rRNA和GAPDH,而18S rRNA、β-actin和GAPDH在其他生理条件下作内参基因的稳定性还有待进一步研究.