浙江省柯萨奇病毒A16 VP1基因特征分析及B细胞抗原表位预测

• 作者: 孙长贵 崔大伟 徐莉 成军 戴玉柱 杨先知 王磊 谢国良 郑书发 陈瑜
• 来源期刊: 临床检验杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 柯萨奇病毒A16 VP1 基因特征 氨基酸变异 B细胞抗原表位
• 年，卷（期）: 2017,（1）
• 所属期刊栏目: 研究生园地
• 页码范围: 65-71
• 页数: 7页
• 分类号: R512.5
• 字数: 4282字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13602/j.cnki.jcls.2017.01.18

摘要

目的 了解浙江省柯萨奇病毒A16(CA16) VP1基因特征及其变迁规律并预测VP1蛋白上B细胞抗原表位.方法 在GenBank检索并下载35个浙江省CA16流行株及69个已知基因型CA16参考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树,确定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸变异;运用DNAStar中的Protean模块预测VP1上可能的线性B淋巴细胞抗原表位.结果 浙江省CA16病毒基因型为B1基因型(34株)和A基因型(1株).B1型中以B1b亚型(24株)占绝对优势,其次为B1a亚型(10株).浙江省CA16流行株VP1核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5％～ 100％和89.5％ ～ 100％;VP1区氨基酸序列高度保守,但也存在部分变异.VP1中可能的B细胞抗原表位(氨基酸肽段)有13个,分别为10-20、30-38、57-62、73-79、98-106、118-123、159-168、173-177、184-189、240-246、265-273、274-284和289-295.结论 浙江省CA16流行株存在A、B1 2个基因型,B1b和B1a为主要基因型,其VP1区氨基酸变异程度较低,VP1中13个预测的B细胞抗原表位可为CA16疫苗的研制提供科学依据.