猕猴桃查尔酮合成酶基因CHS密码子偏好性分析

• 作者: 冯新 吴如健 张长和 赖瑞联 陈义挺 高敏霞
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猕猴桃 查尔酮合成酶 密码子使用偏好性 聚类分析
• 年，卷（期）: 2017,（11）
• 所属期刊栏目: 园艺科学
• 页码范围: 1213-1217
• 页数: 5页
• 分类号: S663.4
• 字数: 2447字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2017.011.009

摘要

为了解猕猴桃查尔酮合成酶基因(Chalcone Synthase,CHS)的密码子使用特征,采用CodonW、SPSS、MEGA软件和EMBOSS在线程序等分析猕猴桃CHS密码子偏好性,并构建单双子叶植物CHS系统发育树.研究结果表明,猕猴桃CHS有效密码子数(ENc)、总G和C含量(GC)和密码子第3位上G或C含量(GC3s)分别为57.21、0.533和0.607;同义密码子相对使用度(RSCU)大于1.0的密码子数为30,但不存在偏好性极强的密码子;聚类分析结果发现,基于密码子使用偏好性分类可将单双子叶进行准确归类,而CHS序列相似性聚类结果并不理想;密码子使用频率分析表明,猕猴桃CHS与模式生物拟南芥和大肠杆菌基因组间密码子使用偏好性差异相对较小.研究认为,猕猴桃CHS密码子偏好性较弱,但倾向使用G和C,且以G或C结尾的密码子;单双子叶植物CHS间存在严格的密码子使用法则;此外,拟南芥和大肠杆菌可能是猕猴桃CHS遗传转化和异源表达较为理想的受体系统.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张长和		23	74	5.0	7.0
2	吴如健	福建省农业科学院果树研究所	71	550	12.0	20.0
3	陈义挺	福建省农业科学院果树研究所	62	358	11.0	15.0
4	高敏霞	福建省农业科学院果树研究所	26	65	5.0	6.0
5	冯新	福建省农业科学院果树研究所	29	68	5.0	6.0
6	赖瑞联	福建省农业科学院果树研究所	40	79	5.0	6.0